Bonjour
Il n'est pas du tout necessaire de reserver si vous prenez le JR pass. mais dans ce cas je vous conseillerais de ne pas arriver au dernier moment pour monter dans le train, car les places des wagons sans reservations ("non reserved seats") pourraient etre toutes prises et vous devriez voyager debout (donc pas forcement tres agreable). Au pire, vous pouvez toujours reserver et si vous changer d'avis vous prenez un autre train, ca ne vous coute rien (je parle tjrs avec le JR pass)
Maintenant, un pass 15j pour si peu de trajets, ca sera a peine rentabilise (mais faites le calcul, je ne sais pas trop avec le taux de change actuel). Peut-etre pouvez-vous songer a un pass 7jours (tout depend de vos dates, mais en general un pass 7jours est rentabilise avec un A/R Tokyo-Kyoto)
Si vous avez l'occasion, essayez de caser un passage a Miyajima, une ile magnifique au large d'Hiroshima (tout accessible par JR)
Aux alentours de Tokyo, Nikko est un voyage magnifique a faire, pour une excursion d'une journee (que j'ai personnellement bcp plus aime que Nara)
Aux alentours de Kyoto, accessible en JR, le temple de Fushimi Inari, magnifique
Hakone est une excursion qui vaut le detour, mais je vous conseille de verifier la meteo avant d'y aller, car en octobre dernier, j'y suis allee par un temps detestable, et c'est absolument deprimant. C'est un endroit ou aller par temps degage, sauf si vous comptez ne profiter que des onsen et de l'hotel (choix qui est loin d'etre desagreable cela dit)
Enfin, n'oubliez pas que vous pouvez faire quelques trajets a Tokyo avec votre JR pass sur les lignes de JR, en particulier la Yamanote line, qui est tres utile pour les principaux sites touristiques (Ueno, Shinjuku, Shibuya, Harajuku, etc...) et pour le Narita express.
J'espere que vous passerez un excellent sejour au Japon !
PS: Pour vous donner des idees de visites, des photos et qq infos, voici mon blog http://liviaaujapon.blogspot.com/
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je ne sais pas trop avec le taux de change actuel 
