Je suis aussi en train de planifier un voyage au Japon, et voici ce que je sais concernant les transports:
Si tu vas seulement dans la région de Tokyo, le JR pass ne vaut probablement pas la peine. Voir
http://www.japanrailpass.net/ pour plus d'infos. Par contre, si tu vas aussi à Kyoto ou d'autres villes, ca peut devenir très vite intéressant.
Pour Tokyo, il existe des passes d'une journée (Tokyo Combination Ticket), à 1580 yens (selon le Lonely Planet, donc les prix peuvent changer). Sinon il y a aussi des cartes de 1000, 3000 et 5000 yens pour chaque compagnie, ça soustrait le montant nécessaire à chaque voyage que tu fais.
Pour les autres coûts, par exemple les hotels, ça dépend du type d'hotels que tu recherches. Si tu es du type "low budget", ça semble assez facile de s'en sortir pour 3000 yens par soir, parfois moins.