Pour les porteurs et l'organisation du trek, il y a plus de choix a Kathmandu. Pour certains treks c'est obligatoire (les permis de trekking s'obtiennent a Kathmandu, beaucoup d'agence de Pokhara sont des annexes de celles de Kathmandu ou on un correspondant a Kathmandu).
Le trek de Pokhara a Muktinath et retour en avion n'est pas tres interressant (il s'effectue presque uniquement dans la vallee de la Kali Gandaki, les gens qui font le tour des Annapurna suppriment en general cette partie vu son manque d'interet et reviennent en avion de Jomsom), il y a beaucoup, beaucoup mieux. De plus il faut savoir que le retour (et l'aller) en avion a partir de Jomsom est assez aleatoire: l'aeroport de Jomsom est dans une vallee profonde, si le vent ne souffle pas dans la bonne direction, les vols sont annules. Comme ce sont des vols normalement tres demande (c'est sur le trajet du tour des Annapurna, le trek le plus frequente du Nepal avec le camps de base de l'Everest), si on a perdu sa reservation a cause de l'annulation du vol, il est tres difficile de trouver des places sur les vols suivant et il faut souvent attendre un certain temps (parfois queleque jours...) a Jomsom (il y a aussi parfois en cas de vent un service en helicoptere mais c'est tres cher...). Si vous persister a faire ce trek, je vous conseille de soit le faire dans l'autre sens (= aller en avion, c'est moins bien pour l'acclimatation, mais Jomsom n'est pas tres haut en altitude) ou de prevoir une marge de temps entre le retour a Pokhara et le vol de retour vers l'Europe. Neanmoins, si vous restez coince a Jomsom, c'est du temps perdu, il n'y a pas grand chose a faire a Jomsom.
Pour le trek: le super trek dans la region, pas difficile, est le Mustang (au dela de Kagbeni vers Lo-Monatang, retour par Muktinath). Sinon il y a des trek peu frequentes au nord de Kathmandu (langtang, Gosainkund...) qui sont bien plus beau que la valle de la Kali Gandaki.
Pour info, une agence de confiance a Kathmandu:
http://www.gohimalaya.com