Bonjour,
Oui, tu peux réserver ton vol par internet sans problème depuis la France. Pour ce qui est de Cruz del sur, idem. Voici leur adresse :
http://www.cruzdelsur.com.pe/. Tu peux chosir ton siège et payer par carte bleue (si je me souviens bien, mais vérifie sur leur site).
Ceci dit, entre les trajets en bus Arequipa/Puno (7h environ), Lima/Huaraz (8h environ) et Cusco/Puno (6h environ), le plus beau est celui entre Cusco et Puno. C'est vraiment dommage de le louper surtout pour privilégier les deux autres trajets qui ne sont pas trés extraordinaires.
De plus, tu as des compagnies de bus aussi bien, si ce n'est mieux, que Cruz del sur. C'est la plus chère mais pas forcément la meilleure en fonction des destinations. Linea, par exemple, a des bus avec des sièges inclinables à 180° (des vrais camas), surtout pour le nord du pays (
http://www.transporteslinea.com.pe/). Tu as des bus trés trés confortables au Pérou.
A toi de voir.
A+