Avec des enfants de cet âge, il vous faut un endroit proche de communications pratiques et de plein de choses à voir et faire, ce qui ne manque heureusement pas à Tokyo ...
Je suis personnellement assez biaisée en faveur de la zone Ueno-Asakusa, qui offre plein de logements bon marché et d'attractions (park de Ueno, son zoo et ses musées, rues commerçantes, temples, vieux quartiers) de bons transports vers les autres zones (trains, métros, bus et bateaux vers les attractions dans la baie de Tokyo depuis Asakusa) et passablement de calme le soir, ainsi que plein de restauration de bonne qualité à bon marché.
Attention au fait qu'entre le 28 décembre et environ 4 janvier, bien des entreprises d'état ferment quelques jours (musées, zoos publics, ...) et que les logements proches d'attractions célèbres (temples comme le Sensoji à Asakusa) sont pris d'assaut pour nouvel-an, donc faites vos réservations à l'avance.
Un choix pour le logement à prix raisonnable (la zone que je vous recommande est Taito-Ku) ici: www.itcj.jp
puisque vous êtes à Paris, faites un tour à l'office du tourisme japonais
http://www.tourisme-japon.fr/ et demandez-leur de la documentation (cartes, listes d'hébergements bon marché, calendrier d'événements saisonniers, suggestions pour les familles), ils la dispensent gratuitement.