Bonjour Nicolas,
Il existe bien des trains directs pour se rendre de Lisbonne à l'est de l'Algarve (Albufeira, Faro). Ces trains desservent plusieurs gares de Lisbonne dont la principale, Lisboa - Oriente (appelée simplement Oriente sur le site des CP et leurs bornes automatiques)
Pour accéder à la partie ouest (Portimao, Lagos), il faut changer de train à Tunes (la correspondance est presque toujours sur le même quai, et la gare est équipée d'ascenseurs).
Donc pour aller de Lisbonne (Oriente) à Portimao, il existe 5 trains par jour, Intercidades ou Alfa Pendular, pour une durée totale comprise entre 3h30 et 4h25. Le prix du billet plein tarif tourne autour de 20 EUR/personne.
Les trains IC et Alfa sont dans les standards de confort que nous connaissons (avec même plus de place pour les jambes que dans nos trains), et les trains régionaux qui circulent en Algarve vers Portimao et Lagos, n'ont pas encore la clim, mais sont d'un confort tout à fait acceptable pour des courts trajets (Tunes-Portimao c'est 35 minutes !)
Pour plus d'infos, se référer au site des chemins de fer portugais:
http://www.cp.pt
Ce site n'est pas mal fait (en comparaison du site de la SNCF) et comporte une version anglaise accessible en cliquant simplement sur le drapeau en haut à droite de la page. Il est possible à partir de ce site d'envoyer un mail, et la réponse est assez rapide (moins de 24 h, j'ai testé).
Voilà, concernant les bus, je n'en sais rien, mais à voir les kilomètres de bouchons, à l'entrée de Lisbonne, je ne suis pas sur que ce soit si efficace.
Arnaud (un autre)
P.S.: je suis rentré du Portugal il y a moins de 24 heures !