Bonjour,
D'une manière générale, le bus, c'est lent. Donc ce n'est envisageable que là ou il n'y a pas de trains ou pour faire des route à la découvertes du paysage. Et encore, beaucoup de bus passent maintenant pars des routes expresses remplies de tunnels.
Kyoto - Kanazawa, c'est très simple. Le premier train direct est à 07h38 et mets 125 minutes.
Pour le retour, le dernier train est à 20h53, arrivée à Kyoto à 22h45
Kyoto - Takayama, c'est plus long. voir trop long. Kyoto 6h44 - Nagoya 7h33/7h43 - Takayama 10h04
et le retour 18h42 - 21h58
Personnellement, je ferais plutôt un voyage circulaire en ne prenant qu'un tout petit sac et en laissant les bagages à l'hôtel. Kyoto - Kanazawa - Takayama - Kyoto. Le trajet Kanazawa - Takayama se fait en bus et passe par Shirakawago. Lieu où il est aussi intéressant de s'arrêter.
Kyoto - Hagi, c'est en effet long. 5 à 6 h de train. Mais tu pourais aller à Tottori en 3 h de trains.
http://www.city.tottori.tottori.jp/top/multilang/english/sightseeing/kanko_en.htm