Le permis GBAO, il me semble que tu peux l'obtenir à Osh...
Mais je crois aussi que tu peux rester 3 jours dans le GBAO avant de demander le permis, ce qui te laisse le temps de rejoindre Murghab et de faire le permis là-bas. Mais ça te force à passer assez vite vers Kara-kul, ce qui est dommage....
Par contre, dans tous les cas, il te faudra le visa avant d'entrer.
Des copains ont traversé dans le même sens que toi l'automne dernier. Tu peux essayer de les contacter:
http://eurasiamoto.fr/Mais si votre voyage n'est pas trop long et que vous connaissez plus ou moins les dates d'entrée au Tadj, vous pouvez aussi faire le visa et le GBAO depuis l'Europe (Vienne, Berlin et Bruxelles, sauf erreur)
Bon voyage!