Un peu dommage que vous n'ayez pas choisi de faire le voyage dans le sens inverse - à la mi-septembre les feuilles commenceront à peine à se colorer, mais bon.
Je suggère aussi de louer une voiture sur Québec, vous pourrez en profiter pour sortir de la ville un peu et aller respirer - tout près de Québec au Canyon Ste-Anne et au Cap Tourmente (voir aussi
http://grandquebec.com/forets-et-parcs-quebec/reserve-cap-tourmente/ ) ou encore au Parc de la Jacques-Cartier - ces endroits sont tous non accessibles par transport en commun. Vous pourrez pousser une pointe du côté de Baie-St-Paul à l'est, 1h15 environ de route du Vieux-Québec et à l'Île-aux-Coudres, voire même jusqu'à St-Irénée pour avoir l'impression de voir la côte ouest d'Écosse.
QUÉBEC > MONTRÉAL: le moyen de transport le plus facile est le bus intercité: Orléans Express part toutes les heures de Québec (Gare du Palais, en Basse-ville) pour Montréal centre-ville.
Montréal > Toronto: vous pouvez profiter du tarif SuperEscomptes en achetant vos billets de train à l'avance, et évaluez si le tarif 1ère classe convient à votre budget, la bouffe y est sensiblement meilleure qu'en classe écono et les boissons sont incluses dans le prix. Sinon, allez voir si vous ne pourriez pas dénicher un vol Montréal > Toronto avec Porter Airlines (flyporter.com - site bilingue), c'est la seule compagnie qui utilise l'aéroport collé sur le centre-ville de Toronto, cette option vous ferait sauver du temps de transport (la route Mtl > To ne brille pas particulièrement par sa beauté...) et n'engagerait pas de frais comme si vous atterrissiez à l'aéroport Pearson et deviez vous rendre au centre-ville. Il y a aussi l'option bus, via Coach Canada, qui peut être intéressante surtout si vous pouvez réserver assez longtemps à l'avance.
TORONTO > CHUTES NIAGARA: prenez un tour organisé, et si possible un tour qui inclurait aussi quelques vignobles et un passage à Niagara-on-the-Lake, une chouette vieille petite ville victorienne avec pelouses manucurées, des fleurs partout, pas mal de petites boutiques (j'en arrive tout juste, et l'air climatisé des boutiques s'est avéré une nécessité pour un séjour minimalement confortable, durant la canicule!) et surtout une bonne vingtaine de vignobles pour la plupart rapprochés les uns des autres. On est en pays de production de vin de glace, mais on en produit aussi pas mal d'autres. Voyez
http://www.petitfute.com/guide/sv-47826-1173-niagara-the-lake-visites-tourisme. Vous pourriez aussi louer une voiture pour en profiter au max, mais vous allez déguster car il y a beaucoup de travaux et de ralentissement dûs aux travaux d'élargissement de l'autoroute jusqu'à Niagara, c'est insensé.
À Toronto même, je vous suggère de musarder du côté de Distillery District, de Kensington Market, et d'aller prendre l'air aux Îles de Toronto - accès facile par traversiers réguliers du centre-ville, apportez votre pique-nique et votre appareil photo, la vue sur Toronto est intéressante à partir de là.
Bon séjour : )