Bonjour,
Le Japon est en effet bon marché en ce qui concerne la nourriture (que ce soit en restau, ou encore moins cher dans les supérettes qui offrent des plats tout prêts et vous les réchauffent), mais cher au niveau logement et transport.
Pour les transports, si l'idée est de faire Tokyo et Kyoto (vos 2 semaines seront déjà bien remplies :)), vous pouvez également envisager les bus de nuit (voir
http://willerexpress.com/bus/pc/3/top/index en anglais), pas chers, et très confortables (sièges inclinables complètement et personnels (donc pas de voisins), couvertures fournies...).
Pour les transports une fois dans la ville, le meilleur moyen de visiter Kyoto est en vélo !! Pas de problèmes avec les enfants, j'ai fait du vélo avec les petits que je gardais âgés de 6 et 8 ans à Nagoya avec des trottoirs beaucoup plus étroits et impraticables.
Pour la location, quasi toutes les auberges (et souvent même les hôtels) le propose à des prix variés.
Pour Tokyo, vous pouvez vous renseigner sur le day pass pour les touristes mais il faut bien calculer car il est assez cher. Autrement, il y a là-bas encore possibilité de louer des vélos.
Bon voyage :)