deux semaines au Pérou te laissent du temps pour bien connaître cuzco (5 jours sont suffisants), ainsi que d'autres régions, comme par exemple Aréquipa ou le Lac titicaca.
Concernant le train Cuzco - Puno, il coûte, je crois 220 dollars par personne. Évidemment, c'est un train de luxe. Mais il suit exactement le même trajet que la route, une option intéressante et beaucoup plus économique peut donc être de prendre un bus touristique entre ces deux villes, qui fait des arrêts dans les endroits intéressants pour faire quelques visites et te permet de voir les mêmes paysages que le train.
C'est sûr que le fait de ne pas pouvoir marcher limite au Pérou, mais pas d'inquiétudes, tous les sites touristiques sont accessibles en voiture, n'hésite pas à prendre des taxis, qui sont très peu chers à l'intérieur des villes, et restent bon marcher pour rejoindre les petits villages, par ex autour de Cuzco
Pour te donner des idées d'endroits à visiter au Pérou, selon le temps dont tu disposes, je te recommande d'aller faire un tours sur cette page :
http://www.voyage-tourisme-au-perou.com/tourisme_temps.htmlBon voyage!!