Bonjour,
En famille, le plus avantageux serait vraisemblablement des logements à la japonaise, les enfants de l'âge des vôtres bénéficiant souvent de réductions.
Pour ce qui est des transports, envisagez d'arriver à Tokyo (NRT ou HND) et de repartir d'Osaka-Kansai (KIX) ou vice-versa. La différence de prix avec un Tokyo-Tokyo est généralement largement compensée par l'économie sur le train, et le gain d'une journée de trajet vers/de Tokyo.
logements:
http://japaneseinngroup.com/ (mes favoris à Tokyo Katsutaro, à Kyoto Hiraiwa)
http://asakusamikawaya.com/english/index.html à Tokyo, très bien situé
D'autres adresses dans tout le Japon:
http://www.itcj.or.jp/heartyinn_search/eng/index.phpA Tokyo, les attractions pour toute la famille ne manquent pas (euphémisme):
http://www.gotokyo.org/fr/index.html et
http://whereintokyo.com/A Kyoto non plus :
http://www.kyotoguide.com/ . Entre le nouvel aquarium, le parc aux singes (à Arashiyama), les ruelles pleines de surprises, les arcades commerçantes (le marché alimentaire couvert Nishiki ...), les biches en liberté à Nara, ... il y a de quoi s'occuper.