Les horaires que Snur a indiqué sont en actualités. Dans tous les cas pour rejoindre de Samarcande au Kirghizstan vous aurez besoin de passer par Tachkent. Il y a une autre solution aussi pour rejoindre Bishkek et ensuite Karakol, c'est via Kazakhstan, du poste frontière Sary Agach, du village Jipek Joli au Kazakhstan (non loin de Tachkent). Il y a des bus pour Bishkek.
Après la nouvelle que: Le Kazakhstan a annoncé l’exemption unilatérale de visas pour les ressortissants de dix pays dont la France est dedans:
http://www.amb-kazakhstan.fr/Documents/investklimat_visa.pdf
je pense que cette une bonne possibilité. Depuis Samarcande à Karakol via la vallée de Fergana, Osh, Bishkek fait presque 1700 km ou plus, et via Tachkent et Kazakhstan fait presque 1300 km.
Dans le premier cas il vous faut de descendre à un hotel dans la vallée de Fergana, raison que la frontière sera fermé. Dans le deuxième cas il y a des bus de nuits, sauf que si on compte pas que le passage à travers les frontières Kazako/ouzbék est un peu long.
A vous de voir quand même quelle route vous allez emprunter.
Bonne préparation!