Bonjour,
Le bus est une excellente alternative sur pas mal de trajets. Il existe un très important réseau de bus routiers ou locaux, avec des pass intéressants pour les visiteurs temporaires, par exemple :
http://willerexpress.com/st/3/en/pc/buspass/
https://www.kousokubus.net/JpnBus/enSur certains trajets, le bus est aussi, voire plus, rapide que le train et bien moins cher (j'ai fait par exemple Osaka-Kansai airport --> Takamatsu en 3h30 pour Y 5150, soit le même temps et la moitié du prix du train, sans changement durant le trajet).
Question hébergement, le Japon regorge d'hôtels et d'auberges (ryokans, minshuku, pensions, ...) bon marché dans les petites villes et la campagne. Par exemple :
http://www.itcj.or.jp/heartyinn_search/eng/index.php
http://www.jnto.go.jp/ja-search/eng/index.phpLes offices de tourisme de la majorité des petites villes aident volontiers à faire des réservations le jour même d'arrivée.