S'il s'agit d'un seul billet NTE/AMS/LIM, effectivement, ne pas prendre le NTE/AMS annule le reste.
Sauf si le vol est annulé par la compagnie pour cause de grès.
Pour aller à
Amsterdam sans dépendre du bon vouloir des contrôleurs aériens ou de la SNCF il ne reste que la voiture (ou les cars).
Mais dans ce cas, il faut prévoir plus de temps.
A votre place, je vérifierais avec la compagnie si vous pouvez faire le NTE/AMS la veille du AMS/LIM et passer une nuit à
Amsterdam. Si le vol est annulé au dernier moment, il vous restera un journée pour vous organiser avec une voiture.