95% des touristes vont au même endroit cela ne veut pas dire que le Sud est envahis de touristes, il suffit parfois de s'éloigner d'1 à 20 km d'un site célèbre pour voir la même chose sans les touristes (exemple : Taquile, Uros, Chullpas de Sillustani, Sites archéologiques de Cusco, Canyon de colca, Dunes de Huacachina, Chemin inca de Machu Picchu, treks célèbres comme le Salkantay, le Santa Sruz ... tous une une ou plusieurs alternative de qualité égale ou supérieure sans touristes, il suffit de chercher !).
Tous cela reste très touristique à mes yeux. Ta liste rentre dans les classiques du touriste qui se balade avec son guide papier.
Pour moi, un site pas "noyer dans la masse touristique" c'est un lieu où tu croisent pas un gringos durant 2~3 jours de suite.
Mais comme tu dis, le centre est de loin la zone ayant le moins de touriste.
Par contre le côté "aller a la rencontre des gens du pays dans des endroits sauvages" en partant en groupe ("je souhaite faire un séjour de 3 semaines avec qq amis"), c'est moyen.
Pour moi, au delà de deux personnes, le groupe est trop grand pour vraiment aller à la rencontre des locaux dans des lieux "sauvages". Le nombre créer une certaine "peur" aux locaux (et ceci quelque soit le pays).
"Un bivouac c'est un peu comme le dépucelage et la première cuite, une espèce de rite qui fais de toi un homme" (MonsieurHenri du site randonner-léger.org).
Récits de mes voyages : http://les-voyages-andre.blogspot.fr/