J'ai bien lu tout ce qu'il vous a déjà été répondu avant de vous communiquer mes réflexions.
Aller directement à
Kyoto depuis Narita est ultra simple: après avoir obtenu votre JR Pass à la gare de l'aéroport vous vous faites réserver le premier NEX (Narita Express) en partance pour
Tokyo et le premier Hikari Shinkansen pour
Kyoto. Et dans 3 ou 4 heures vous êtes à
Kyoto !
(Je l'ai même déjà fait pour
Hiroshima et pour
Kurashiki).
Aller en bus à
Takamatsu est peut-être intéressant pour voir "autre chose" mais le train est gratuit puisque vous avez votre JR Pass.
Himeji peut être facilement fait en excursion depuis
Kyoto comme expliqué par ailleurs ou même en arrière depuis
Takamatsu. A
Himeji, outre le château, ne pas oublier le jardin botanique y attenant, de même que celui attenant au Heian-shrine à
Kyoto et le parc du Tenryu-ji à Arashiyama (un des plus intéressants temples de
Kyoto avec le Kinkaku-ji et le Kyomisu-dera mais forts touristicisés).
A
Takamatsu les jardins Ritsurin sont parmi les tous premiers du
Japon.
Kotohira (avec les trains "Kotoden" depuis
Takamatsu) est aussi intéressant si vous vous sentez la force de grimper toutes les marches jusqu'au sommet du sanctuaire (voir ce qu'on en dit sur un bon guide (pour moi, celui que je préfère est le guide "Voir" de Hachette, identique au Eyewitness anglais ou Capitool néerlandais car, selon moi, le plus éclectique et le mieux illustré)).
Sinon, vous pouvez inventer tout ce que vous voulez au
Japon, c'est toujours super captivant (j'adore, par exemple, le château de
Matsumoto ou la petite ville entièrement en bois de Takehara (beaucoup moins touristicisée que
Takayama), etc..., etc...)