Les chaussures de montagnes sont elles contre indiquées?
Le Gore-tex est-il contre indiqué?
Des chaussures types jogging mais avec parait-il un voile pour empêcher la pénétration du sable vous paraissent elles intéressantes?
OUI - OUI - OUI ! 
Ne t'embarrasse surtout pas de grosses et lourdes chaussures de montagne, encore moins en Gore-tex !! Tu brasseras suffisamment de sable pour ne pas avoir cela à soulever aussi !

Mais ne te leurre pas non plus : le sable pénétrera dans tes chaussures avec "voile anti-sable"... tu n'as pas fini de les vider en cours de trek... et des années après tu en touveras encore dans les recoins !!

Surtout pars avec des chaussures légères, "cassées" (= pas neuves), une paire de sandale (tu peux même marcher avec) et de quoi éviter et soigner les ampoules (avec le frottement sable, même dans des chaussures sans souci tu peux en récupérer de belles !)
bon trek.