Je ne sais pas de combien de temps tu disposes, mais si tu parles de road-trip, je pense que c'est plusieurs jours?
Tout d'abord, ne prends pas l'A36, terriblement cher et en travaux.
Tu peux après
Montbéliard, prendre la sortie Pont de Roide, et remonter le cours du
Doubs jusqu'à Pontarlier ou
Mouthe.
En le suivant, il y a plein d'endroits tranquilles : amont de St Hippolyte, clos du
Doubs, Goumois, l'aval du saut du
Doubs (touristique)...
Une fois vers Pontarlier, tu n'es pas loin de la source et
vallée de la Loue, ou bien tu peux aussi poursuivre en restant dans le haut
Mouthe, Chapelle des bois (jolies rando à faire à roche champion et roche Bernard).
Après, selon l'option choisie, je te conseille de rejoindre le secteur de Champagnole, beaucoup de rivières, les lacs (maclus, Ilay, Frasnois, Bonlieu) à côté.
Pose des questions, ce sera plus simple

Tout est à voir dans le
Jura. Si tu cherches un/des bons spots bivouacs, demande aussi dans quel coin.
A+