Chacun ici aura son avis sur la question.
Me concernant, mes région préférées sont
Kyushu (particulièrement
Kagoshima) et le Tohoku (
Hiraizumi, Tono, Shimokita).
A
Tokyo, il y a nombre de quartiers bien différents... Pour ma part je conseillerais Asakusa/Asakusabashi, Shimokitazawa, quartiers à l'est de la Sumida (Sumida-ku), etc...
Il y a forcément les classiques Shinjuku, Akihabara, Shibuya, Ginza, Odaiba... On en découvre un peu plus à chaque voyage.
Pour
Osaka, assez peu de temples, je trouve, c'est plutôt le paradis de la bouffe.
Le Sumiyoshi-Taisha vaut le coup, et l'aquarium/grande-roue à l'est de la ville.