Bonjour Mikel,
Pour aller au Cañon du Colca depuis Arequipa, le plus simple est effectivement de passer par une agence pour ne pas vous soucier du transport qui est assez long et chaotique parfois entre Arequipa et Cabanaconde (6h de trajet aller seulement). A moins de louer un mini-van pour vous seul et les gens qui vos accompagnent, le trajet ne sera pas direct. Vous devrez vous arrêter à Chivay. Il est vraiment conseillé de faire attention à la compagnie que vous utiliserez pour vous rendre au Colca. La compagnie Reyna qui fait le trajet Arequipa-Chivay (et apparait accessoirement sur la plupart des guides de voyages comme étant la meilleure compagnie) est un vrai danger, je vous la déconseille très fortement! Les bus n'ont pas d'âge, les retards et problèmes techniques sont fréquents. Ensuite pour relier Chivay-Cruz del Condor et Cabanaconde, vous avez la compagnie Andalucia, qui n'est pas vraiment top non plus. En clair, vous perdrez surement plus de temps à attendre que le bus arrive et à faire un changement, sans compter l'aspect sécurité qui n'est vraiment pas à négliger…
Au Pérou, il n'est pas toujours évident d'avoir le beurre et l'argent du beurre. Si on veut de l'authentique, il faut souvent savoir accepter les aléas du transport public (imponctualité, peu d'horaires fixes et malheureusement parfois insécurité). La seule solution pour ce que vous recherchez serait de louer un mini-van privé et éventuellement de partager les frais avec les personnes avec lesquelles ou voyagez.
Il est préférable de réserver votre billet pour le Machu Picchu à l'avance. Difficile de prévoir le temps, même si en général en avril, il est plutôt favorable. Choisissez la date en fonction du reste de vos activités à Cusco et alentours (visite de la vallée sacrée et d'Ollantaytambo le jour d'avant?). C'est mieux d'arriver à Aguas Calientes (maintenant appelé Machu Picchu Pueblo) la veille pour monter tôt sur le site le lendemain et profiter de toute la journée. Vous y verrez moins de monde le matin et si vous êtes inquiet pour le climat, sur une journée complète vous avez plus de chance d'avoir une éclaircie.
Bonne journée,