Le dernier train est certes a 00h10 (si ton avion est a l'heure, tu n'auras aucun probleme pour l'avoir, 1h pour passer la douane c'est deja beaucoup a Haneda, qui n'est pas tres grand, alors 1h30...), mais si jamais tu es en retard tu as de toutes facons des bus jusqu'a Shinagawa, Shinjuku,
Tokyo, Ikebukuro, Shibuya... (et ailleurs) qui partent a 1h du matin. Tu peux prendre un bus jusqu'a Akihabara et prendre un taxi ensuite.
Tu as des bus encore plus tard pour Shinagawa (a 1h40 et 2h30 du matin).
Bref, no worries.