Bonjour,
Je pense aussi que le moins onéreux sera de passer directement par une agence basée à
Lhassa qui pourra vous envoyer le permis à l'hôtel que vous lui indiquerez à
Chengdu.
Dans le lien que je vous ai donné, il y a plusieurs contacts d'agences tibétaines :
tibetecotravel.com/...in-tibet/ 
Vous pouvez voir leur site et s'il y a des circuits qui vous intéressent (à prendre seuls ou sur lesquels rejoindre un groupe pour baisser les frais) ou en choisir une et monter un circuit sur mesure avec elle. A noter que les lieux que vous allez visiter doivent être indiqués sur le permis donc il faut arrêter le programme à l'avance.
Oui, vous devez être obligatoirement accompagnés par un guide. A minima pour les visites et je crois qu'il est censé rester avec vous. Après, il est possible d'avoir des temps libres pour se balader. Pour la réservation de l'hôtel je ne sais pas, je ne suis pas sûre que ce soit obligatoirement l'agence qui s'en charge... après... comme de toute manière le séjour est organisé, ça semble aussi simple. Vous pouvez aussi parfois indiquer vos préférences à l'agence retenue.
Vous pourrez voyager plus librement dans les provinces tibétaines du Kham et de l'Amdo (réparties entre Sichuan, Qinghai et Gansu) mais si vous voulez aller à
Lhassa, persévérez ! ça semble compliqué mais une fois que l'on a accepté qu'il s'agira d'un voyage organisé, ce ne l'est pas tant que ça !
Bonne continuation de préparation !