Malgré sa taille, sa richesse culturelle et naturelle, l'Indonésie ne compte que huit sites inscrits au patrimoine mondial de l'Unesco dont la moitié est située sur l'île de Java avec en tout premier lieux les sites de Borobudur et Prambanan.
Chaque région de l'Indonésie est riche au niveau des sites et autres lieux à découvrir:
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À voir à Bali: au delà des plages et stations balnéaires du sud (Kuta et autres), on retiendra des lieux comme Besakih, Klungkung, Nusa Penida, Ubud, des temples comme celui de Tanah Lot, plus pour la "nature" la région de Bedugul et divers volcans à gravir comme le mont Batur.
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À voir à Java: Borobodur, Prambanan, le plateau de Dieng, Gedong Songo pour leurs innombrables temples, les villes de Bandung et Yogyakarta, l'île de Madura et Anyer pour les plages. Mais surtout aussi les volcans Bromo, Merapi et Kawah Ijen, de même que divers parcs nationaux dont le Ujung Kulon demeure l'un des plus intéressants.
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À voir à Kalimantan, Moluques et Sulawesi: en premier lieu les nombreux parcs nationaux du Kalimantan (Gunung Palung, Kayan Mentarang, Kutai, Tanjung Puting), le Pays Toraja (Sulawesi), plus ça et là des îles et des lieux reconnus pour la plongée ou les plages comme les îles Banda, Kai, Derawan ou encore les parcs marins de Sulawesi (dont celui de Bunaken).
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À voir en Nouvelle-Guinée occidentale: la nature sauvage dans toute sa splendeur avec le parc national de Lorentz, Biak et l'archipel de Raja Ampat, plus surtout les populations locales avec leurs cultures et traditions très fortes comme dans la vallée du Baliem ou la région d'Asmat.
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À voir aux Petites Îles de la Sonde: les îles de Komodo et Rinca avec le parc national de Komodo connu pour ses "célèbres" varans, les volcans à découvrir en treks du Kelimutu ou des monts Rinjani et Tambora, les îles Gili pour la plongée tout comme d'ailleurs nombre d'autres endroits de l'archipel reconnus pour cette activité, le surf et les plages.
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À voir à Sumatra: le Pays Minang et le Pays Karo, les îles Mentawai (dont Siberut) et celle de Nias pour les cultures et traditions des populations locales. Les îles Bangka‑Belitung et Bintam pour les plages. Le lac Toba et les parcs de Bukit Barisan Selatan, de de Gunung Leuser ou de Kerinci Seblat pour la nature.
