La région d'Iquitos (Loreto) est bien moins chère que celle du Madre de Dios. Tout dépend de votre budget.
Par exemple, un aller simple Lima-Iquitos en avion coute dans les 70 dollars US; depuis Iquitos, un trip en forêt vers la Réserve Nationale de Pacaya-Samira par exemple peut être négocié aux environs de 30 dollars US par personne et par jour. De nombreuses agences vous proposerons une montagne de tour dans le coin d'Iquitos. Maintenant tout dépend aussi du nombre de jours dont vous disposez, plus vous aurez le temps, plus vous pourrez vous enfoncer et plus se sera sympa. Vous pouvez aussi accéder a cette réserve par le village de Las Lagunas (on accède à ce dernier par bateau).
Va faire un tour sur ce lien pour avoir quelques infos sur Pacaya-Samira : http://www.inrena.gob.pe/, puis dans le menu de gauche tu vas sur "Areas Naturales" puis, sur la carte, tu cliques sur la grosse tache jaune située au nord.
Pour ce qui est du Madre de Dios, depuis Puerto Maldonado, tu peux te rendre à Manu (http://www.inrena.gob.pe/dganp_cat_pn_09.html), ainsi qu'à Tambopata. mais dans un cas comme l'autre c'est cher. Si je me souviens bien, il faut compter environ 500 dollars US par personne pour plus ou moins une semaine à Manu, avec l'entrée comprise.
Voilà, en gros les parcs et réserves nationales que tu as vers Iquitos et Puerto Maldonado. Si tu ne veux pas te rendre dans un parc mais faire juste un tour en forêt de plusieurs jours ou plusieurs semaines, alors regarde sur place ce que les agences te proposent et compare les prix et les différentes activités (baignades, tour en pirogue, pêche, "rappel" dans les arbres avec "viste" de la canopé, marche, viste de communautés, observation de la faune, ...) De toute façon, les agences proposent plus ou moins chaque fois la même chose et généralement s'adaptent aux désirs du client (si toute fois ceux ci sont dans leurs cordes).
Il n'y a pas vraiment de bon plan à te donner. La qualité de ton séjour dépendra de la qualité de l'agence et surtout du/des guide(s). Demande aux agences si elles emploient des natifs ou pas. Ces derniers ne sont pas très bavards mais quand ils parlent ils ne disent pas de connerie car ils connaissent la forêt. De plus, se sont généralement d'excellents piroguiers qui connaissent bien les rios et qui peuvent naviguer de nuit sans rentrer de plein fer dans une branche ou un arbre.
De toute façon, un séjour prolongé en forêt amazonienne reste inoubliable, même si c'est parfois un peu galère car le milieu est hostile.
Ne passant pas par des agences, je n'ai pas de nom d'agence à te recommander.
Es un hombre que se va, la lagrima se queda.