Bonjour,
A quel aéroport arrivez-vous ? Narita ou Haneda ?
A ces heures-là, malheureusement, je ne vois que le taxi, soit dans les 20'000 yens plus surcharge de nuit et frais de péages depuis Narita, vraisemblablement moins depuis Haneda.
Il serait peut-être moins cher de passer votre première nuit dans un hôtel proche de l'aéroport (un Toyoko-inn, par exemple,
http://www.toyoko-inn.com/eng/)
Je vous suggère de contacter l'office du tourisme japonais à Paris afin de voir s'ils ont davantage d'informations sur les transports de nuit
http://www.tourisme-japon.fr/Autre chose: Shin-Okubo est un quartier (fort sympathique et bien placé au demeurant) où résident de nombreux coréens, et il semble que s'y sont déroulés ces derniers temps plusieurs manifestations xénophobes de la part d'un parti d'extrême-droite japonais (il y avait un article à ce sujet hier dans le Japan Times
http://www.japantimes.co.jp/). Vous ne devriez normalement pas être importunés et il est fort probable que les autorités aient pris des mesures pour faire cesser cela d'ici votre arrivée, mais mieux vaut être prévenus.