Un conseil : quitter Chennaï le plus vite possible (grande ville et pas grand'chose à voir).
Entre Pondi et Maduraï tu peux aussi t'arrêter à Chindambaram et à Thanjavur. A chaque fois les temples sont différents, l'atmosphère est différente.
Entre Maduraï et Kochi, il y a le train ou le bus : le bus fait passer par les montagnes (Munnar par exemple) mais à cause de la mousson, ce ne serait pas terrible à mon avis.
Comme vous voyagerez en période de mousson, c'est bien d'avoir commencé par le Tamil Nadu où elle est moins forte et d'arriver ensuite au Kerala où elle commence (normalement) à se calmer un peu vers le 10 août.
Si tu en as l'occasion, arrêtes-toi à Allepey le week end des Nehru trophy boat race (deuxième samedi du mois d'août, le 11 août en 2007).
Goa en période de mousson, inutile de songer à s'y baigner; ne vaut donc le détour que pour la Vieille Goa ses églises et son ambiance portugaise.
Tu parles de Mangalore : franchement la ville n'a aucun charme. Mysore vaut la peine mais pour s'y rendre à partir de Kochi ce n'est pas facile (pas direct en train, il faut passer par Bangalore (bof)) -ou alors faire Kochi --> Mysore en taxi ce qui permet de passer par les montagnes (ce trajet vaut la peine, on passe par des endroits assez sauvages - des forêts avec parfois des éléphants sauvages au bord de la route ou plutôt dans les fourrés en bord de route mais il faut être chanceux - de nuit ils sont carrément en bordure de route mais en période de mousson ne pas voyager de nuit, c'est plus prudent - on voit aussi des groupes de "manigal" en malayalam et au pluriel ("man" au singulier) des sortes de "daims").
Dernier conseil : ne pas se fixer de timing. Si un endroit vous plaît restez-y plus longtemps, quite à sauter des étapes ultérieures ou à ne pas visiter Goa. Et puis, il est très facile de prendre un avion pour Mumbaï à partir de Kochi, Bangalore, Goa, etc. (attention, en période de mousson, certains vols peuvent être annulés -vrai aussi pour le train qui peut prendre facilement 24 heures de retard entre Ernakulam et Bombay si la ligne du Konkan railway est détériorée par le déluge - or cette année la mousson est plus forte que d'habitude sur les westerns ghats).