Bonjour Benoit
Je pourrai répondre partiellement car:
- je connais tous les endroits que tu cites sauf Seram
- je connais assez peu l'intérieur des terres, je voyage en saison des pluies donc j'ai tendance à rester sur le littoral qui est davantage épargné (et puis aussi parce que dès qu'on arrive en dessous de 25° je fais demi-tour car on se caille déjà assez toute l'année en France).
Halmahera est certainement plus facile à visiter que Seram, le réseau routier est excellent.

Je sais qu'au centre de Halmhera tu as encore des tribus qui vivent dans la forêt primaire mais si tu n'as que 12 jours devant toi tu peux oublier.
Sinon, en plus accessible, tu as les montagnes autour de Tobelo, mais j'y suis très peu allé en février dernier car elles étaient sous des rideaux de pluie (et nous voyageons toujours en scooter). Je n'ai pu aller qu'au lac de Galela

Sur Halmahera ouest tu as la région de la région de Jailolo qui est très belle et très verte également (enfin en saison des pluies!)

Pour ce qui est des îles, on est davantage dans mon domaine de compétences 🙂
Oui les iles Banda n'offrent pas d'intérêt pour le côté nature, c'est surtout sous l'eau que c'est intéressant là-bas.
Les Iles Guraici n'offrent également aucun intérêt côté nature, et sous l'eau ça a été pas mal bombé. Par contre les paysages marins sont sublimes, notamment l'île de Lelei (photo prise au débarcadère du ferry...)

Ou encore la vue imprenable sur le lagon...

Le lagon de Morotai est fabuleux pour les plages et les paysages marins.
L'île la plus connue étant Dodola, dont la photo trône dans tous les offices de tourisme locaux....

L'île voisine, pulau Kolorai, où on fait sécher du poisson....

possède depuis peu une dizaine de homestay chez l'habitant, qui font l'objet d'aucune promotion.
Si j'avais su cela plus tôt, j'aurai choisi Kolorai comme camp de base pour explorer tout le lagon, qui est très grand, mais nous n'avons pas pu à cause du vent et des vagues du mois de mars (musim ombak).
Je n'ai pas exploré les fonds marins du lagon, la météo nous ayant laissé peu de temps pour visiter ce chapelet d'îles !...
J'évite de donner des conseils timing car je me rends compte que je voyage beaucoup plus lentement que la plupart des voyageurs sur ce site. Il est clair que si tu as 12 jours, il faut choisir UNE SEULE de ces destinations. Sachant que pour le nord des Moluques, le hub est à Ternate donc à mon avis c'est Seram / Ambon / Ternate / Tobelo donc 4 avions à prendre !
Pour te donner une idée j'ai mis 2 mois pour explorer Ternate, Guraici, nord Halmahera, Morotai et Bacan. Je n'ai pas eu le temps d'aller au sud de Halmahera à mon grand regret !... Et bien sûr je précise que dans les petites îles savoir parler un minimum le bahasa indonesia est indispensable, et qu'un timing très serré est à proscrire car seule la mer décide si les bateaux circulent ou non.