Bonjour,
plusieurs éléments en vrac :
- si vous ratez votre correspondance à cause d'un retard du premier vol ou du temps d'attente trop long au contrôle passeport, vous serez placée dans un autre vol pour
Lyon (même billet);
- effectivement, 20/40minutes pour passer du terminal 2E eu 2F est réaliste (suivre la signalétique à la descente du premier vol, il y a une passerelle dédiée entre le 2E et 2F), je l'ai déjà fait en moins que ça, en marchant d'un pas vif et avec un contrôle passeport très fluide;
- il y a un contrôle sécurité avant le contrôle passeport;
- si la file d'attente est trop longue au contrôle passeport, n'hésitez pas à vous signaler à l'hôtesse qui fait la régulation des files;
- pas de ré-enregistrement à faire, idéalement vous aurez tout fait par internet 24h avant depuis chez vous;
- si votre bagage ne fait pas le transfert, à l'arrivée à
Lyon vous allez signaler le problème au bureau Air France (qui doit normalement se trouver dans le hall de récupération des bagages); vous continuez ensuite vos affaires comme prévu autant que possible, ils vous feront délivrer le bagage en 1 ou deux jours à l'adresse que vous leur donnerez;
- puisque le chose vous inquiète, prenez donc votre bagage en photo avant de partir, ça facilite les papiers à remplir;
- si votre correspondance est supposée décoller à 12h45, ça veut dire que l'embarquement commencera vers 12h15; après je ne sais pas trop dire quand les portes de l'avion ferment pour de bon, d'expérience au mieux ce sera 12h40, dans la pratique l'heure limite de décollage est souvent dépassée de quelques minutes

Mais effectivement, mieux vaut agir de façon à être devant la porte d'embarquement à 12h15/12h30.
De mon point de vue, si on met de côté tout retard de vol ou problème aux contrôle de sécurité, 1h de transfert entre les deux terminaux, c'est très suffisant.