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Gabon est un pays qui se mérite malheureusement...il est vrai qu'au point de vue touristique ce n'est pas ça mais peut être est ce mieux ainsi finalement ;)
Pour tout ce qui est vols ou trains à l'intérieur du pays les horaires et fréquences de ligne sont aléatoires et en tant qu'étranger vous n'avez quasi que ces 2 choix car il n'est pas possible de louer une voiture sans le permis de conduire gabonais.
Avant de partir, comme vous le dites, tout doit être bouclé mais la réservation d'une seule nuit d'hôtel ne pose pas de problème au consulat mais le dossier doit être complet sinon c'est mort.
De plus, je crois qu'il ne vous sera pas possible de passer par un organisme de visas étant donné que vous êtes un particulier.
En tout cas bon courage pour le jour où vous déciderez d'y aller ;)