Tout dépend de ce que tu veux faire...
Si c'est pour rester une bonne partie à
Tokyo au contraire, c'est plutôt la bonne période :
Tokyo se vide (un peu) comme
Paris au mois d'août et l'infrastructure hôtelière y est de toute façon surdimensionnée.
Évidemment, si c'est pour aller dans des régions ou des villes touristiques (
Alpes japonaises,
Nara,
Nikko,
Miyajima,
Kyoto...) effectivement, il faut s'y prendre longtemps à l'avance et il y aura du monde. Pour
Kyoto, il faut t'y prendre maintenant pour avoir du choix.
En même temps, ça peut être l'occasion justement de découvrir le
japon profond, à mon avis le plus intéressant d'ailleurs (après
Tokyo 
!). Par exemple,
Hokkaido ou les régions paumées du
Shikoku.
Concernant les trains, ils seront pleins comme pour un départ de grandes vacances en
France : les vendredis soirs et, surtout, samedi matin. Mais tu trouveras quand même sans problème des places si tu n'es pas à un jour près.
Les prix sont plus élevés mais au
Japon, entre les périodes hautes et les périodes basses, ils vont quand même rarement du simple au double. Ça peut-être, dans certaines régions, jusqu'à 25 % plus cher... Dans ce cas, réserver tôt à l'avance ne garanti pas des prix plus bas (puisque les hôtels et ryokans savent qu'ils seront pleins pour la plupart), mais cela permet quand même d'avoir où loger !
Sinon bien sûr, tous les musées et sites touristiques sont ouvert !