Tout d'abord, je suggère, lorsque vous êtes à
Kyoto, de ne faire qu'une seule expédition "extra-muros" et, lorsque vous êtes à
Tokyo, de rester dans
Tokyo intra-muros, car une semaine n'est pas de trop... Surtout à partir du moment où vous partez une semaine dans la nature. Dans ce cas, des sorties genre
Kamakura,
Hakone ou
Nikko réduiront les chances de bien découvrir
Tokyo, ce qui serait dommage car un séjour de trois semaines est justement une bonne occasion de bien découvrir tant
Tokyo que
Kyoto.
Ensuite, quitte à aller dans les coins paumés du
Japon, autant viser la campagne et la montagne, que le bord de mer, rarement beau... Le littoral du
Shikoku fait, il est vrai, un peu exception puisqu'il est assez beau et assez propre (c'est rarement le cas !). Mais ce n'est quand même pas un pays de bord de plages... Sauf si le but est de faire du surf...
Il faut, à mon avis, ne pas voir le
Japon comme un pays de bord de mer (bien que constitué uniquement d'îles !) mais comme un pays de montagnes (qui représentent les trois quarts de la surface du
Japon). Et autant tu as de grandes chances d'être déçu par le bord de mer, autant la campagne profonde a toutes les chances de séduire...
Il manque une donnée importante dans ta question : quelle est la période de séjour prévue ? Attention, à partir de mi-juin et pendant tout l'été, c'est très chaud et très humide (ce qui n'a rien d'agréable sur une plage...), voire (très) pluvieux.