La meilleure agence, c'est toi-même. En préparant toi-même ton voyage, tu paieras (beaucoup) moins cher, tu choisiras toi-même tes hôtels, ton itinéraire, tu iras à ton rythme (en évitant le marathon habituel et presque systématique des TO...) et tu organiseras tes journées et visites en fonction de tes centres d'intérêt...
Le forum est là pour t'aider à peaufiner un voyage au
Japon. Il n'y aura pas grand-monde (peut-être même personne...) à te recommander un voyage organisé.
Concernant la période, pour éviter à la fois au maximum les touristes occidentaux et éviter dans la mesure du possible les périodes les plus chaudes et les plus humides, je te recommande autour d'octobre et de mai (en faisant juste attention à début mai car ce sont les vacances des Japonais, les hôtels dans certaines villes peuvent être vite pleins... je dirais en fait que de mi-mai à mi-juin c'est une bonne période).