Pour moi, tu peux t'en tirer pour beaucoup moins, tout dépend de tes exigences.
J'ai l'impression que l'hébergement joue beaucoup : si dortoirs ou salle de bains communes ne te dérangent pas, tu peux trouver plein d'hôtels sympas pour ~20 euros la nuit. Je te conseille l'excellent site que j'ai découvert sur ce forum d'ailleurs :
www.itcj.jp
(il y a une version anglaise, il recense plein d'hébergements à tous les prix et tu peux même réserver par ce site).
Pour le JR Pass, à toi de faire tes calculs. Ca peut être avantageux, par exemple si dans le mois vous avez une semaine particulièrement chargée en transports et qu'il devient préférable de prendre un pass 7j pour cette semaine là. ca peut aussi ne pas l'être si vos voyages sont espacés ou si vous restez dans le même coin.
Pour le camping, c'est pas forcément la bonne solution. Mais pour des nuits de dépannage, j'ai jamais testé mais les mangas-cafés reviennent souvent, ouvert 24-24, un fauteuil ou une petite pièce de lecture peut servir à dormir quelques heures pour un coût dérisoire.
Pour te donner une idée : je pars en septembre pour deux semaines. Notre budget par personne : 600 euros pour les billets d'avion (déjà achetés), 220 euros environ pour un JR pass 7 jours, 400 euros pour tout l'hébergement (auberges de jeunesse ou ryokans orientés "young" eux aussi). Reste la nourriture (on profitera de bons plans, ramens le matin, bentos combinis le soir, petits extras pour le midi) pour laquelle on prévoit 200 euros (pas de restos de luxe prévus donc ^^ mais bien assez !), les extras 100 euros. On en est donc à 1500 euros par personne. On rajoute une petite enveloppe pour les souvenirs de 200 euros supplémentaires.
Et encore, là, on dort à chaque fois en hôtel et on aura largement de quoi bouffer ^^ Pis on voyage en train, dans votre cas, avec budgets réduits, vous devriez je pense envisager les bus : ils roulent de nuit, c'est pas le top confort mais tu arrives à destination pour moins cher, et surtout en ayant économisé une nuit d'hôtel !
Encore une fois, tout dépend de tes exigences. Pour moi, tu peux t'en tirer pour beaucoup moins !