Même si le Venezuela est à côté et que les "anciennes îles soeurs" (Curaçao et Aruba) ne sont pas loin non plus, il n'existe aucune ligne de bateau assurant ces dessertes. Bref, Bonaire ne peut être atteint que par avion, paquebot de croisière, cargo ou voilier privé.Il existe une ligne de/vers Sint Maarten avec The Saba Ferry ou The Edge pour six rotations hebdo en tout (1h30; dans les 50/60 US$ le trajet ou 80 US$ en "daytrip").Il existe une ligne ferries entre l'île et Sint Maarten avec "Voyager Ferries" pour plusieurs liaisons hebdomadaires.