Premier conseil : amusez-vous et prenez le temps.
Je crois qu'il est inutile (je ne sais même pas si cela existe...) de prendre des vols intérieurs. Je trouve que votre itinéraire est classique et tient très bien la route. A noter que entre Phnom Penh et Siem Reap, c'est une bonne dizaine d'heures de bus (selon la circulation à PP), et environ 8 heures entre PP et Sihanoukville. Vous pouvez aussi prendre des bus de nuit... si vous n'êtes pas regardant sur le confort des couchettes. Encore une fois je vous conseille fortement Koh Rong (renseignez-vous sur le forum) à 2 heures de bateau de Sianoukville, j'ai adoré.
Sinon, pour visiter PP, vous pouvez demander à un tuk tuk de vous emmener faire le tour des choses à voir dans la ville et autour (en fixant le prix à l'avance). Donc là, pas besoin de passer par une agence. Sinon, j'ai trouvé le Cambodge très cool, jamais je ne me suis senti pas en sécurité ou quoi que ce soit. Ah si, à l'arrivée du bus, une armée de chauffeurs de tuk tuk vous "sauteront dessus" pour proposer leur service et vous emmener à votre hôtel. Restez zen, écartez-vous un peu de la petite armée, choisissez celui qui vous inspire et mettez vous bien d'accord sur le prix et surtout sur l'adresse de votre hôtel à l'avance. Assurez-vous qu'uil a bien compris, éventuellement avec une carte. Comme ça, pas de souci.
Amicalement.
On peut voyager non pour se fuir, chose impossible, mais pour se trouver.