Bonjour,
Il s'agit de deux quartiers extrêmement différents, où vous trouverez du logement de prix et de prestations variées, il sera donc difficile de vous conseiller sans connaître votre budget et vos "exigences". Koneko va essayer de vous vendre Shibuya, je tiens pour Ueno (plus "traditionnel" et en rapport avec mon grand âge).
Kyoto est moins grand et surtout moins "fouillis" que Tokyo, donc il est bien plus facile d'y naviguer. Il y a un vrai centre ville (un grand quadrilatère à environ 3 km au nord de la gare) mais étant donné les transports disponibles et le fait que les sites à visiter sont très dispersés dans et autour de la ville, il est moins problématique de se loger un peu "en dehors". J'ai une bonne adresse à recommander (juste au dessus du centre), le Hearton Hotel, classé "business hotel" mais vraiment très bien pour le prix, surtout via www.itcj.jp (cherchez sous Kyoto, "Nakagyo-ku"). Si vous pouvez, payez-vous une nuit dans un ryokan un peu luxueux, soit au centre, soit dans Higashiyama/Gion, soit même en dehors comme du côté de Arashiyama.