Difficile de te conseiller, les 2 sont tres beaux.
Cependant Maranhenses est exceptionnel mais il faut y etre entre mars et septembre lorsque les petits lacs sont pleins d' eau..... donc OK pour toi, le survol en avion est splendide.....
Malheureusement il y a des années où il y a moins d'eau que d'autres, mais je ne connais pas le moyen de savoir s'il a suffisamment plu cette année (il doit bien exister un site de météo sur cette région pourtant ?). Concernant le survol en avion, c'est pas donné (dans mon souvenir mais c'était en 2011)
Concernant la Chapada, je veux y aller depuis 3 ans, mais on repousse toujours.
Quant à l'hébergement en hôtel, je te conseille amplement les pousadas, qui souvent n'ont pas d'étoiles, sont moins chères et très authentiques. Sur ce forum, il y a suffisamment d'adresses je pense.