Tu peux y aller sans problème pendant la Golden Week. Evidemment, il faudra un peu adapter ton itinéraire en fonction de ça.
C'est un peu comme en
France pendant la premier quinzaine d'août : c'est très agréable de passer un séjour à
Paris, il faut s'y prendre à l'avance pour aller sur la côte d'azure et on y est pas seul.
Ce sera la même chose pour
Tokyo, qui se vide, et
Kyoto qui fait le plein. Certaines destinations sont à éviter dans ce cas, surtout les week-ends. Et il faut éviter de prendre des trains en début ou fin de week-end.
Je te recommande d'emblée de ne pas envisager des "spots" touristiques qui attirent autant les Japonais que les étrangers, comme
Kamakura ou
Nikko par exemple.