Bjr,
Une des composante essentielle pour vous répondre, c'est de savoir à quelle période de l'année vous envisagez de faire votre voyage.

Si vous ne donnez pas la période, je ne vois pas comment on peut vous répondre.

Pour
Bali, c'est " bon " toute l'année. Côté mer, ce n'est pas le top. Elle est souvent agitée, donc snorkeleing souvent nul. Même quand l'eau est claire / calme, il y a souvent peu de poissons, de novembre à février / mars.Ils vont ailleurs...
Idem pour les rizières (qui elles, ne bougent pas) qui sont majoritairement à sec en août, septembre octobre.
J'ai écrit majoritairement. Bien sûr il y a quelques coin où c'est en eau et super chouette.
Pour
Java, pas trop de problème côté mer.La quasi totalité des plages de cette île sont qualifiées de dangereuses, quelque soit la saison.
Je n'ai pas vérifié en me baignant, mais dans toutes les plages où je suis allé, je n'ai pas vu de baigneurs. Quelques surfeurs toutefois.
Il y a quelques îles au large de
Java (nord) qui sont pas trop mal. Mais pas d'octobre à mars.
En ce qui concerne
Sumatra, même remarque. Si vous y allez en novembre, déc...fev, mars... c'est très chouette, mais un peu humide. La mer est un peu agitée.
Mais il y a de très jolis coins à
Sumatra.
Iles, forêts, paysages. Côté culturel ceest un peu le désert de Gobi, mais on n'est pas là pour ça.

Conclusion.
Dire à quelle époque vous envisagez d'aller dans cette partie du monde,
ça me semble la 1ère des choses a dire.Imaginez qu'un danois veuille aller sur la
côte d'azur en espérant faire du snorkeling et du bronzing mais, en omettant de préciser qu'il compte y aller au mois de janvier...
En 3 semaines je vous conseillerais de zapper une des 3 îles.
J'éliminerais
Java.
J'y suis allé beaucoup plus souvent qu'à
Sumatra.
Mais à
Sumatra, vous pourrez voir encore un peu de jungle, quelques belles plages (selon date).
Bref, avec
Bali qui est un peu "carte postale", et
Sumatra qui est un peu " Tintin" (enfin, pas énormément...

) vous aurez une vue moins que partielle

de l'
Indonésie, mais une palette de beaux souvenirs.

En éliminant
Java, vous allez vous priver de Borrobodur et dans une moindre mesure de Pranbanam. C'est superbe, mais minimaliste par rapport à
Angkor, Hampi,
Bagan,
Ayuthaya, Sukhotaï et même Pimaï.
Je ne dit pas que c'est inintéressant. Mais ce n'est pas incontournable. En plus, les indonésiens rackettent les touristes occidentaux pour les droits d'entrée.
Donc, c'est difficile, voire chiant de répondre à une question bateau comme la votre.
Tout est très subjectif.
Certains trouveront que mon "style " est moqueur et agressif et feront tout le contraire de ce que je recommande.
Je vous souhaite un bon voyage. Quelque soit la saison.