J'interviens sûrement un peu tard pour la croisière, mais pas pour d'autres lecteurs.
A défaut d'autorisation de sortie de territoire qui, effectivement, n'existe plus, je ne vois pas en quoi une agence peut réclamer autre chose. Les autorités des différents pays ne réclameront pas un document dont elles savent qu'il n'existe pas et il n'est absolument pas obligatoire, même pour un mineur non accompagné, d'avoir un passeport pour voyager, a fortiori dans l'espace Schengen !!!
En revanche, pour pallier tout souci éventuel d'une quelconque personne trop zélée comme l'agence (mais pas forcément dans son droit), il est parfois utile que les parents rédigent un document reprenant plus ou moins les éléments de l'ex autorisation de sortie de territoire et qu'ils y joignent une copie éventuelle du livret de famille. Ca n'aura aucune valeur légale, mais fera taire quelques obtus...