Bonjour,
A votre place je choisirai Shinagawa pour le transfert. Plus simple que
Tokyo...
En fait à votre place j'aurais pris un billet à destination de l'aéroport d'Osaka Kansai si c'est pour se rendre directement à Kyoto sans séjourner à Tokyo. Mais cela ne répond pas à votre question... 
Quand vous arriverez à l'aéroport de Narita, adressez vous au comptoir JR (de préférence celui du sous-sol, il y a souvent moins de monde). L'employé vous fera vos résas à ce moment là (pour le Narita Express que vous prendrez de suite, et le Shinkansen que vous aurez en correspondance).
Sinon dans l'absolu la résa n'est pas obligatoire sur ces deux trains. Il y a une ou plusieurs voitures "open". Mais pourquoi s'en dispenser ? De toute façon dans tous les cas vous devrez passer par le comptoir de l'aéroport pour activer vos Pass.
Peut on emprunter ces 2 trains sans réserver ? A quelle gare faut il descendre du Narita Express pour avoir le moins de couloirs possibles entre les quais des 2 trains car nous aurons pas mal de bagages ?