Pour le logement, voyez le site de l'office du tourisme, sur lequel vous pouvez faire (gratuitement) vos réservations en ligne:
www.itcj.jp
Il vous faut sélectionner un quartier de
Tokyo (par ex. Taito-ku, Shinjuku-ku,...) et vous aurez une liste d'hébergements à prix raisonnable. L'hébergement chez l'habitant, c'est quasiment inexistant, surtout à 3 ou 4.
Le pass de train dont vous parlez est le JR Railpass, qu'on doit en effet acheter en
France et valider au
Japon. C'est bien à condition de faire suffisamment de trajets pour le rentabiliser, mais à 3-4 ça risque de faire une part importante de votre budget. Voyez sur ce site pour les détails:
www.japanrailpass.net/fr/fr003.htmlSi vous avez l'intention de ne visiter que
Tokyo,
Kyoto et leur environnement proche, il serait certainement plus rentable de réserver un vol qui arrive à
Tokyo-Narita et repart de
Osaka-Kansai (à ~ 70 min de train de
Kyoto), ce qui vous éviterait un trajet entre les deux régions.
Le nouvel-an à
Tokyo est une période très sympa et animée, qui commence aux alentours de Noel avec des décorations assez spectaculaires (et de la musique de saison partout, ce qui est vite lassant). Les administrations, sauf la poste, ferment entre le 28 et le 4, quoique bien des musées et attractions rouvrent dès le 1er (par exemple, il y a des concerts, des danses et des démonstrations d'artisanat au Edo-
Tokyo Museum qui valent la peine). Par contre, quasiment tous les commerces sont ouverts normalement durant toute la période, surtout dans les quartiers les plus visités.
Le 31 au soir, il faut se rendre vers minuit dans un temple pour assister et peut-être même participer aux sonnailles de cloches de nouvel-an, et dès le lendemain, temples et sanctuaires shinto reçoivent pendant quelques jours des centaines de milliers de visiteurs pour la première "prière" de l'année, une excellente occasion de voir des japonais en kimono, de manger des mets inhabituels à bas prix, d'acheter des souvenirs, etc.
Question temps, il fait en général assez beau et sec, et pas très froid (il peut geler la nuit et faire 10-16° la journée). Pour peu qu'il ait plu, le ciel s'éclaircit car la pollution aura été balayée et c'est une bonne occasion d'admirer le panorama, parfois dégagé jusqu'au
mont Fuji, depuis une des plateformes d'observations dans une des tours les plus hautes (Sunshine 60 à Ikebukuro, Roppongi Hills, la préfecture à Shinjuku, par exemple).
L'office du tourisme à
Paris vous enverra (gratuitement je crois) de la documentation sur simple demande:
www.tourisme-japon.fr/ 
