Avec Le Pirée, Rafina et Lavrio, la capitale grecque possède trois ports d'embarquement ferries.
Le Pirée: à une douzaine de kilomètres au sud‑ouest de la capitale, Le Pirée est le port maritime d'Athènes et le principal du pays puisqu'on y trouve des lignes vers la plupart des îles (hors les Ioniènnes). On y accède depuis le centre‑ville en métro, ou en bus si on vient de l'aéroport (possible également en métro via Athènes).
Rafina: c'est en quelque sorte le second port ferries d'Athènes, à une trentaine de kilomètres à l'est. De là, partent des ferries pour une dizaine d'îles des Cyclades.
Lavrio: à une soixantaine de kilomètres au sud‑est d'Athènes, pas loin du Cap Sounion. Outre une liaison avec Kavala (à l'est de Thessalonique), on y dessert certaines îles du Nord de la Mer Egée et surtout des Cyclades.
Grèce continentale et Péloponnèse:
En dehors d'Athènes et ses abords quelques autres ports proposent des liaisons, généralement vers des îles toutes proches.
Péloponnèse: Hermione et Porto Heli desservent les Saroniques (Hydra, Poros et Spetsae). C'est aussi au départ de la petite ville de Kyllini, sur la côte ouest, que s'effectuent les liaisons vers les îles Ioniènnes.
Côte nord et est: sur la côte nord, les ports de Thessalonique et surtout Kavala assurent des départs pour plusieurs îles du nord de la Mer Egée (Chios, Icaria, Lesbos, Limnos, Samos...). À l'est, Volos et Agios Konstantinos se consacrent, eux, aux Sporades toutes proches.
Kissamos, La Canée, Héraklion et Sitia, tous sur la côte nord de l'île, disposent de liaisons avec Le Pïrée opérées par trois ou quatre compagnies. Les trajets prennent en général entre 7 et 9 heures.
Proches de l'Attique, les Cyclades sont bien desservies d'Athènes/Le Pirée (une vingtaine d'îles), mais aussi de Lavrio et Rafina (une dizaine d'îles pour chaque). Le choix est donc conséquent, avec la plupart des compagnies présentes pour une certaine concurrence, et des traversées proposées selon en bateau rapides de type hydrofoils ou ferries "classiques". Comptez entre 2 et 5 heures de mer pour atteindre la plupart des iles.
Certaines îles étant programmées aussi bien au départ du Pirée que de Rafina et Lavrio, il peut donc être utile de comparer les offres. Sur l'ensemble de ce vaste archipel, ce sont Andros, Folegandros, Ios, Katapola, Koufonissi, Milos, Mykonos, Naxos, Santorin, Paros, Serifos, Sifnos, Syros et Tinos qui sont les mieux reliées au continent.
Cette quinzaine d'îles entre Crète est Turquie est programmée au départ d'Athènes/Le Pirée avec les compagnies Blue Star et Anek. Elles nécessitent au mieux 9/10 heures de mer. Cos et logiquement Rhodes sont les îles les mieux desservies.
Ce sont les îles de la côte ouest. C'est du petit port de Kyllini qu'on peut accéder aux îles de Cephalonie ou d'Ithaque avec la Kefalonian Line.
Ce sont les îles les plus au nord. Elles sont desservie aussi bien depuis la région d'Athènes au départ du Pirée et de Lavrio, que depuis la côte Nord avec Thessalonique et surtout Kavala. Hellenic Seaways et Nel Lines sont les deux principaux transporteurs sur cette zone. Ce sont les île de Chios, Icaria qui possèdent les meilleures rotations. Assez souvent les trajets peuvent s'avérer assez longs, au delà des 10 heures de mer.
C'est l'archipel le plus proche d'Athènes, entre l'Attique et le Péloponnèse. C'est la compagnie Hellenic Seaways qui s'occupe des traversées au départ du Pirée mais aussi des ports d'Hermione et de Porto Heli (dans le Péloponnèse) pour ce qui est des îles les plus au sud (Hydra, Poros et Spetsae). Les traversées sont rapides, entre 10 minutes et 2 heures selon les lignes.
Ces quelques îles sont assez proches du continent. Elles sont desservies en 2 ou 3 heures par Hellenic Seaways à partir des ports de Volos et Agios Konstantinos qui leur font face.
Lignes "inter‑Grèce continentale":
Même si elles ne sont pas nombreuses, il existe aussi plusieurs liaisons régulières reliant deux ports de la Grèce continentale; souvent en fait dans le cadre d'une escale intermédiaire à destination d'une île. Du Pirée on peut ainsi aller à Hermione et Porto Heli dans le Péloponnèse (les deux villes étant également reliées entre elles), ou encore faire Lavrio (à côté d'Athènes) - Kavala (à l'est de Thessalonique).