Plusieurs sources recommandent une vaccination contre la fièvre jaune en cas de séjour en Amazonie, même si officiellement aucun vaccin n'est obligatoire pour entrer dans les pays concernés. Reste aussi qu'il vaut quand même mieux être à jour de ses "vaccins de bases".Au niveau maladies, c'est généralement la partie amazonienne de chaque pays qui pose le plus de "problèmes" même si un minimum de précautions et de bon sens suffisent généralement pour éviter les déconvenues. La dengue et quelques autres maladies parasitaires comme le chikungunya, la leishmaniose ou la maladie de Chagas y sont en effet présentes localement ou épisodiquement. Quant au paludisme, il est endémique en forêt. Mais, selon les lieux à visiter, il nécessite plus un avis médical préalable au voyage qu'une prise médicamenteuse systématique.Bref, il vaudra mieux déjà se protéger des moustiques et autres bestioles du genre. Le mieux étant d'avoir un bon répulsif, se couvrir les bras et les jambes à la tombée de la nuit lorsque ça pique le plus, et de prévoir une moustiquaire imprégnée si on dort dans un lieu sans climatisation ou air brassé.Dans un domaine un peu différent, il existe en Amazonie une plante hallucinogène, l'ayahuasca, utilisée par les chamanes et dont les effets peuvent être mortels lorsqu'elle est mal utilisée.Comme souvent, une bonne hygiène corporelle et surtout alimentaire est nécessaire si on est pas trop habitué à "manger local". Donc, évitez l'eau du robinet qui n'est pas potable et les plats ou aliments ne présentant pas toutes les garanties de fraîcheur, ne serait‑ce déjà que pour éviter la turista.

Peu de risques si l'on circule en "organisé" et un peu plus en individuel. N'oubliez pas que l'Amazonie est une région rude et difficile sur le plan humain où beaucoup de gens travaillent dur, loin de toute "civilisation", pour souvent pas grand chose. Donc, dans nombre d'endroits, c'est un peu le far west sur fond de contrebandes et d'histoires en tous genres. De fait, mieux vaut faire preuve de bon sens et éviter de s'embarquer dans des plans foireux ou risqués, surtout avec des gens que l'on ne connait pas ou peu. Également, autant ne pas trop fréquenter certains bars ou hôtels dans les zones habitées et, de façon générale, se balader seul la nuit. Pour les filles seules, pensez que l'Amazonie est un lieux où les femmes sont très peu nombreuses; donc agissez et comportez‑vous en conséquence.Pour ce qui est des dangers de la forêt, ne partez pas seul (une évidence!), tant est‑il d'ailleurs que vous en ayez l'occasion. Les guides et structures organisées sont là justement pour vous éviter tous les désagréments d'un monde qui malgré tout demeure hostile aux non initiés...