Bonjour,
Le meilleur choix serait d'organiser votre voyage tout seul. Les agences facturent trop cher des services qui sur place sont souvent beaucoup moins chers.
Par exemple, de l'aéroport d'Athènes, il y a des bus 24h/24h qui relient le centre, le Pirée etc à l'aéroport. Ils coûtent 3, 20 euros par personne. L'entrée de l'Acropole est de 13 euros. avec un bon livre, vous serez tout sur l'Acropole. Pas besoin de guide.
Sur place, le centre d'Athènes se fait à pieds : mont Lycabète, quartier de Monastiraki, Theisio, place Syntagma etc. Le métro permet d'aller du centre au Pirée. Il y a plein d'agence vendant des billets de bateaux sur la place de Syntagma. Le site http://www.fantasticgreece.com/ferries/default.aspx vous donne les horaires des bateaux. Sur les îles, louer une voiture (en Octobre, il y en a pour 25 euros max par jour) ou utiliser les bus locaux (KTEL) à 1, 5 euros le trajet généralement. Si vous allez dans les cyclades, faites Santorin et Milos. Dans le Dodécanèse, Rhodes est magnifique. Le temps sera normalement beau à l'exception d'un risque de vent.
Bonne journée.