Le sud Mexique ne pose pas vraiment de problèmes sanitaires même si la dengue ou le chikungunya, véhiculés par certains moustiques, y sont présents comme dans nombre d'endroits de cette partie du monde. Quant au paludisme, il existe seulement dans quelques zones rurales du sud du pays mais pas dans les lieux touristiques ou en ville. Bref, très peu de risques même s'il vaut mieux évidemment se protéger des moustiques et autres bestioles du genre, y compris en évitant de se balader pieds nus n'importe où et même sur les plages. Le mieux demeure donc d'avoir un bon répulsif, se couvrir les bras et les jambes à la tombée de la nuit lorsque ça pique le plus, et de prévoir une moustiquaire imprégnée si on dort dans un lieu sans climatisation ou air brassé.
Comme souvent, au delà de se laver les mains régulièrement, une bonne hygiène corporelle et surtout alimentaire est également nécessaire si on est pas trop habitué à "manger local". Donc évitez l'eau du robinet qui n'est pas vraiment potable et les plats ou aliments ne présentant pas toutes les garanties de fraîcheur, ne serait‑ce déjà que pour éviter la turista qui touche nombre de visiteurs.
Le Yucatan fait partie des zones les plus sûres du pays, ne serait‑ce que parce que c'est la région numéro 1 en matière de tourisme. Ce qui ne veut pas dire pour autant qu'on ne doive pas prendre les précautions de base habituelles à tout voyage comme ne pas étaler ses richesses, se promener seul de nuit dans des endroits isolés, etc. De même, une certaine vigilance est aussi de rigueur dans les transports, les stations de bus, dans certains quartiers périphériques des villes, ainsi que sur les plages ou lors de sorties nocturnes. En cas d'agression, il convient également de ne pas résister et d'avoir toujours avec soi "quelque chose" à donner à ses agresseurs. Enfin, si on possède un véhicule, il est largement recommandé d'utiliser les parkings gardés et de ne rien laisser à l'intérieur.
Pour ce qui est des Chiapas,
l'Armée zapatiste de libération nationale
(EZLN) présente dans cet état se mobilise depuis 1994 pour la condition des indigènes. C'est un mouvement pacifiste, bien que armé, relativement populaire au Mexique et surtout à l'étranger. Même si les affrontements avec les autorités ou d'autres organisations sont assez rares, mieux vaut quand même s'informer de la situation du moment si on compte se rendre en certains endroits de la province.
Quant à la nature, les cyclones sont présents sur le littoral Atlantique et accessoirement Pacifique. En saison des pluies, dans le sud, il arrive que des routes soient coupées pour cause d'inondation ou de glissement de terrain. Dans un autres domaine, attention aussi aux courants marins pouvant s'avérer dangereux côté Pacifique. Et puis bien sûr, il faut éviter de partir seul et sous‑équipé dans la nature, hors sentiers battus, sous peine de risquer de se perdre.