Normalement, ça n'a aucune importance. On ne te demandera pas où tu vas (bon, si c'est le seul vol au départ de la journée, c'est sûr que...)
et dans la mesure où une CNI française valide est valable partout dans l'UE, aucune raison qu'on t'embête.
Vers et depuis
Istanbul, j'ai passé les contrôles (avec une simple CNI) en seulement quelques instants et on ne m'a strictement rien demandé, donc pas d'inquiétude !