vous pourrez attendre quelques jours dans la zone de transit de l'aéroport de
Moscou, le temps qu'un visa soit prêt. Comme vous avez encore un passeport valide, ce sera plus facile que pour Snowden

Blague à part, il vous faut soit un visa de transit en urgence
—peut-être (?) possible en vous présentant à un consulat russe, voir tarif des visas
— , soit changer de vol
(à discuter avec votre compagnie). Si c'est Aeroflot, ils ont des vols
Tokyo -
Paris Orly avec changement d'aéroport (Domededovo/Vnukovo), ou
Tokyo -
Paris CDG sans changement d'aéroport (Sheremetievo).
Il y a 4 consulats russes, à
Tokyo,
Sapporo, Niigata et
Osaka, mais les adresses ne coïncident pas toutes sur les sites
visahq
et
embassy-finder
ou
embassypages
: je ne sais pas lequel est le plus à jour