Réservez un bon ryokan, discutez-en à l'arrivée et si vous voyez qu'ils sont un peu retissant, il suffit de décaler les heures de bains : tôt le matin ou "tard" le soir (22/23h y'a pas ou très peu de monde, après c'est désert).
Et puis certain Ryokan disposent de bain familiaux ou privatisable (gratuit ou non, ça dépend des établissement) ou encore dans les chambres et là, tatoo ou pas, on s'en fou

Et puis, avec les JO, ça devrait s'adoucir progressivement ;)